Liczne najazdy, pożary i plądrowania doprowadziły jednak do upadku miasta. Podczas konfederacji barskiej okolice Częstochowy były jednym z głównych miejsc oporu wojsk konfederackich. Po II rozbiorze Polski znalazła się w departamencie kaliskim Prus Południowych. Po 1807 znalazła się w departamencie kaliskim Księstwa Warszawskiego, od 1815 w województwie kaliskim Królestwa Polskiego. Początkowo istniały Stara Częstochowa i Częstochówka (prawa miejskie od 1717 jako Nowa Częstochowa), które zostały połączone 19 sierpnia 1826. W 1819 został wytyczony przez inżyniera wojskowego Jana Bernharda najważniejszy trakt miejski – Aleja Panny Maryi (obecnie Aleja Najświętszej Maryi Panny). Po połączeniu obu miast Częstochowa pod względem liczby ludności wysunęła się wówczas na czwarte miejsce w Królestwie, po Warszawie, Lublinie i Kaliszu.

W związku z położeniem przy kolei warszawsko-wiedeńskiej (od 17 listopada 1846), obecnością złóż rud żelaza (obecnie nie eksploatowane), pokładów wapienia oraz czystych i obfitych w wodę rzek od 1870 zaczął w Częstochowie rozwijać się przemysł - metalowy (Huta Częstochowa, której budowę zainicjował Bernard Hantke), włókienniczy i papierniczy.